No.. no te crea dos archivos. La pool lee todos los archivos de audio que tenes en la carpeta "audio" del proyecto, cuando vos suprimis una pista de audio, el archivo no se borra de la carpeta, sigue ahi, con la diferencia que ahora la pool no la pone mas en su carpeta audio sino que la envia a la papelera, si queres borrar definitivamente esa pista, entra en la pool y vacia la papelera.
En el caso de que no aperzcan los archivos que borraste en la papelera, selecciona la opcion "suprimir medios no utilizados", y los mandas a la papelera, esa opcion hace que todas los archivos de audio que no esten en el proyecto vayan a la papelera. Y recien cuando la vacias, los archivos se borran fisicamente del disco rigido.
y donde se encuentra la opcion esa de suprimir medios no utilizados
Mmm... Hace mucho que no uso Cubase, ahora uso Nuendo, pero no debe ser muy diferente, en la opcion "pool" tiene que estar esa opcion, o sino abris la pool y parandote en cualquier carpeta con el boton derecho del mouse te aparece la misla lista de opciones...