Hola.
Imagino que esos Alesis funcionan como una tarjeta de sonido, así que no creo que puedas pese a que en la mayoría de softwares te permite decidir cual va a ser el dispositivo de entrada y cual el de salida, pero a la hora de la verdad no permiten más que uno.
Si los Alesis se dejan conectar vía jack, hazlo.
si los altavoces usb funcionan como interfaz de audio tb, esa era la duda que entonces tendria dos interfaces de audio conectados.
Es mejor por el cable audio a la focusrite verdad?
ademas es que he notado que directamente por usb suenan muchisimo mas que por el cable audio a la interfaz, y no se por que
No te queda otra, si no puedes configurarlo de otra forma vas a tener que conectarlos a la tarjeta.