Supongo que te refieres a crear una partición para Windows con Bootcamp. Si formateas el disco duro externo como FAT o NTFS, podrán leerlo tanto Windows como Mac, pero si lo formateas como HTFS, sólo lo leerá el Mac.
En cuanto a Acid y Vegas, no te recomiendo instalarlos en Parallels, aún va flojo para aplicaciones multimedia (se espera que esto mejore bastante, pero aún falta un poco).