Dependerá del ordenador, MAC cuida todos los detalles, pero la mayoría de PC's donde el hardware es muy diverso el audio integrado cuenta con convertidores de mala calidad, drivers de alta latencia y complementos para buscar un sonido mas agradable para escuchar como entretenimiento con lo que colorear la señal no es la excepción sino la regla.
Las interfaces de audio externas dirigidas a home theater y juegos pueden mejorar en convertidores (Sound Blaster) pero todos sus complementos al igual que con el audio integrado irán dirigidos a mejorar la escucha para entretenimiento con lo que al igual que con el audio integrado una instalación por defecto tendrá complementos activados que coloreen la señal.
Ahora se puede usar y muchos hemos usado el audio integrado y las tarjetas para juegos, las interfaces de audio dirigidas a estudio tienen relativamente poco tiempo... Pero debes desactivar todos los complementos para "mejorar" la escucha, que el sonido no tenga ningún proceso que lo pueda colorear para que salga lo mas limpio posible y la calidad de los convertidores sea lo que determine el porcentaje de error, ahora de todos modos para conseguir resultados decentes deberás contar con monitores de campo cercano y acondicionar el lugar acústicamente y esto es por que con audífonos tiendes a sobre procesar el audio dejando un sonido muy artificial.
Una interfaz de audio persigue exactamente lo contrario, que los convertidores sean de la suficiente calidad para que junto con los demás eslabones de la cadena al reproducir el audio este se escuche lo mas cercano a lo grabado y de esta forma poder tomar decisiones correctas en la mezcla para que el resultado se exporte similar a como lo escuchas con tu equipo y funcione en cualquier equipo de audio de consumo.
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Muchisimas gracias por la respuesta RaulMX