Bueno, realmente el plugin de corrección de tono tendría que ir justo después del micro, sería la primera instancia de la cadena por donde pasara la señal de audio. Antiguamente cuando todo era en analógico el hardware corrector de tono como puede ser un Eventide iba justo después del micro, y después iba el previo. Entonces en un mundo ideal el software corrector de tono con un hardware específico que lo hiciera funcionar tendría que ir justo después del micro y antes de meter la señal por el previo de la tarjeta de sonido. Esto sería lo correcto y nunca se "ahogaría" la señal tal como tu describes, pero en digital esto es del todo imposible.
Un saludo