Seguramente tienes activado el monitoreo directo. Tienes que apagarlo y usar únicamente el monitoreo desde Cubase.
#2 Siempre lo hice activando el icono q es como un altavoz, q al darle se pone de color naranja, no sé si te refieres a eso
#4 Uso la M-audio 2x2M, tiene una perilla USB/Direct, hacia un lado escuchas el sonido de tu daw y hacia el otro tu entrada de línea limpia, ya probé con ella y nada, de hecho cuando abres el plugin de amplitube el canal recibe sonido pero el input del plugin nada.