Bueno no soy un experto en esto pero por experiencia propia puede que te pueda ayudar un poco.
-si conectas la guitarra directamente al computador asegúrate de meterla por el Line-in y no por la entrada de micrófono.
Lo otro, no se si ocurra con el guitar rig, pero a veces estos programas no funcionan con otras aplicaciones que utilicen la tarjeta de sonido. En otras palabras, si abres el guitar rig3, y tienes abierto el winamp o el reproductor de windows media o el fl studio o el adobe audition, o cualquiera de estos programas... la guitarra no te va a sonar.
Yo tuve el mismo inconveniente tuyo hace tiempo y jugando con la configuración del ASIO pude hacerlo funcionar.
Bueno no se si sirva de algo pero de todas formas mucha suerte