Creo que es porque tienes mensajes de sustain en esas notas, que hacen que sigan sonando. El sustain es el CC64, mira a ver si lo tienes por encima de la mitad en alguna de esas notas que se quedan colgadas. No sé si me entiendes, que diría Belen Esteban.
No sé si te servirá de ayuda lo que te voy a contar, pero tuve ese mismo problema.
Me pasó al usar Garritan PO con Cubase VST32. Me pasaba justo lo que tú has descrito. Lo pregunté en el foro y alguien me dijo que creía que había ciertas incompatibilidades entre Garritan y Cubase VST porque a más gente le pasaba.
Me cambié a Cubase SX3 hace unos meses y ese problema se solucionó.
Quizá también haya cierta incompatibilidad Logic/Garritan.
Un saludo.