Tu, en tu casa y con tus monitores (ni yo en mi estudio, ni la mayoría de nosotros) no notas la diferencia entre 48 y 96 al escuchar. Y no debería haber ninguna diferencia al exportar si usas el mismo DAW, no importa la tarjeta.
Yo conectaría la 2i4 solo para usar sus previos para grabar, que supongo serán mejor que el previo que trae la Xone, pero para producir y sobre todo mezclar, usaría la interfaz del Xone que te da mas canales, con una calidad mas que suficiente y, además, te ahorras este problema que tienes. Dudo mucho que una mesa Allen Heath que vale 1000 pavos, tenga peores convertidores que una interfaz de gama baja, como la Scarlett 2i4.