Se me antoja que el borrado se produjo, no con el cambio de SO (en un sentido y luego en otro) sino por la instalación del cubase. Al hacerlo, lo ha hecho partiendo de cero, por lo que posiblemente borrara las carpetas anteriores. Mira en tu nueva instalación, dentro de Mis Documentos, si tuvieras dos carpetas de proyectos diferentes, en diferentes lugares.
Estas cosas se evitan haciendo una partición del disco duro exclusiva para datos, donde guardarás tus proyectos. Cualquier cosa que le ocurra al sistema operativo, incluso que te obligue a una reinstalación del mismo, evita la pérdida de datos.
Eso es de la migracion del windows 8.1 al Windows 10 y luego de regresar al windows 8.1 aunque le digas que te respete los archivos los archivos se te van a borrar conozco ya varios casos de estos si vuelves de windows 10 a windows 7 o windows 8 perderas tus datos si no has hecho una particion y mucho cuidado porque ahora microsoft te obliga a migrar al windows 10