Lo más habitual es dividir el compás en dos utilizando una doble barra para separar el punto dónde tiene efecto el Fine. No solo para la reproducción automática, sino para la interpretación por humanos. Una indicación de Fine sobre un compás sería de otro modo muy imprecisa, pues no se sabría el punto en el que realmente tiene efecto.
Para hacer esto rápidamente en Sibelius selecciona la primera figura de la segunda mitad del compás y utiliza el icono de la tijera (Inicio>Compases>Dividir compás) En el cuadro de diálogo desmarca "Añadir separación del sistema" y en barra de compás elige "duplicar" (sic, cosas de los traductores baratos).
Si finalmente optas por tu primera propuesta haz lo mismo con la tijera y elige una barra de compás invisible. De esa manera el programa sabrá dónde exactamente tiene que ejecutar el Fine.