Hola, IsaakPalon.
Verás, no termino de entender tu consulta, pero creo que, lo que describes lo estás haciendo en un DAW. Si es así, tendrías que tener en cuenta una serie de detalles en cuanto al ruteo de las señales con las que trabajas. Si el paneo no está donde debería, fíjate bien, paso a paso, donde puede estar el fallo. Fíjate en los paneos individuales de cada pista de audio, y en los de las pistas auxiliares que utilices. Comprueba que tipo de pistas estás utilizando; si mono o estéreo. Si hiciera falta, ve soleando las diferentes pistas, y escucha una por una para descubrir en que parte de la cadena se te extravió tal o cual paneo.
Si quieres ahorrar recursos, vuelca (debes tener alguna opción para hacerlo en tu DAW) la pistas procesadas con Guitar Rig, y trabaja con los nuevos archivos ya procesados.
Saludos.