Rewire es la tecnología por la que Reason y Cubase se sincronizan, es más, Reason pasa a ejecutarse por el motor de audio de Cubase, con lo que el sonido final es "distinto"
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Por lo que leo en tu primer mensaje, ya estás funcionando con los dos programas a la vez y sincronizados por la salida de mezcla L y R total de Reason.
Esta es una de las maneras de funcionar con Rewire, es decir, "todo lo de Reason en Reason", "todo lo de Cubase en Cubase" y una pista rewire en el mezclador de Cubase que contiene lo que sale de Reason. Le puedes aplicar los efectos de Cubase que quieras a esa pista,...
Otra forma sería el mandar una a una las pistas de Reason a Cubase, como canales independientes, utilizando las salidas del hardware interface de Reason. Esto sería para el caso de querer aplicar distintos efectos de Cubase a pistas de Reason, por ejemplo.
Otra opción es dejar de tener "todo lo de Reason" y pasar a secuenciar las pistas de las máquinas de Reason desde el secuenciador de Cubase asignando los módulos uno a uno.
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Esto es rewire.
Si lo que quieres es tener una salida de forma de onda de Reason en Cubase, entonces no quieres Rewire.
Para sacar wavs de las partes de Reason, puedes exportarlas desde Reason bien como mezclas o bien ir muteando una a una las pistas y sacarlas como pistas independientes y luego importarlas como audio wav a Cubase.
O si quieres liarte la cabeza, abres los dos programas tal y como lo haces y desde cubase vas haciendo distintos ficherso de exportación "Audio Mixdown..." muteando canales hasta dejar solo lo que tengas en Reason.
Importas estos wavs en Cubase y ya tienes lo que querías.
Luego decides que no estás conforme con uno de los golpes de batería, digamos el bombo, por ejemplo. Como tienes todo lo de Reason en un solo wav, vas a Reason, cambias un poco el ataque del compresor, crees que estás conforme y vuelves a repetir todo el proceso. Lo escuchas en Cubase y .... vaya, algo no vuelve a cuadrar. mmmmmm va a se el bajo que entra un poco pronto. Otra vez a hacer una mierda de cambio, exportar, importar, y.... pues como solución a esto está lo que llamaron rewire.
Precisamente se trata de evitar tener la salida de Reason en forma de wav dentro de Cubase.
Símplemente ejecuta los dos programas y vas variando lo que quieras de uno o de otro, ya tienes los dos en el mismo mezclador y sincronizdos. Es más sincronizados bastante más allá de lo que sería una sincronización midi.
¿Para qué ondas ni wavs?.
De todos modos, cada uno hace las cosas como quiere, y si a ti te va bien un método, adelante.