No olvidan el DC Offset, yo tuve ese mismo problema con mi maquina bien configurada (con la excepcion de mi tarjeta de sonido chafa, cutre, trucha). resulta que al inicio y final de cada evento en ciertas pistas aparecia el click, entonces solia aplicar fades de entrada y salida, pero al hacer el bounce master, volvian a aparecer, y a editar en sf o wavelab. PERO me ilumino Xazzz, y le aplique dcoffset a cada pista inclusive antes de hacer ningun proceso ofline.
Saludos
ah me olvidaba, los clicks solo eran en audio y no trabajo aun en Midi, aun no se porque sucede, ni en que consiste dcoffcset en concreto, pero toy feliz sin clicks.