Depende de qué sistema operativo estemos hablando. Si es un Windows XP, a veces al cambiar placa y procesador arranca y empieza a detectar el nuevo hardware sin probemas. Otras veces no termina de arrancar, o se reinicia continuamente antes de terminar el arranque, pero en ese caso se puede arrancar desde el cd de instalación de WindowsXP y pulsar en reparar (tecla R) la segunda vez que pregunta (la primera es con la consola de recuperación, así que esa no). Entonces el sistema se reinstala y una vez terminado, en la gran mayoría de ocasiones arrancará sin problemas respetando toda tu configuración y todo lo que tuvieras instalado.
Yo lo he hecho ya algunos cientos de veces (no, no soy un friki que me pase el dia cambiando de placa, es por mi trabajo, jeje ) y solo ha fallado unas pocas veces que no he tenido más remedio que formatear.