Jamás vas a poder tener en un mp3 una calidad similar a un archivo de audio cd.
El programa que buscas es completamente imposible de crear, los formatos de audio "comprimido" mp3, wma, ogg y hasta flac, recortan las ondas de audio, frecuencias, etc. ¿Cómo recuperar lo que estos codecs recortan a la hora de generar un nuevo archivo de audio?.
Quieres un archivo de audio similar a un audio cd, busca música en .wav
Y no funciona si al bajártelos de YouTube los conviertes en .wav , ya que la mayoría sube el audio a YouTube en .mp3 así que el recorte ya esta hecho.