Eso depende de las librerias en cuestion.
puedes colocar encima el pluggin de reapper "reacontrolmidi" y hay transpones lo que quieras
#1 Se me ocurre que insertes como efecto de entrada (Input FX) el JS:Midi Transpose Notes. Ahí puedes definir cuántos semitonos quieres que se transponga las notas que entren desde el controlador. Ojo, ya quedan grabadas con la transposición definida.
Muchas gracias, me funcionó.
Un saludo.
Supongo que tu problema tendrá que ver con los Keyswitches. Se puede hacer como te comentan o incluso en el editor midi con Transpose Midi pulsando T y usando la opción selected notes o all notes.