Te escribo un poco de memoria porque no tengo el ordenador delante pero creo que en la misma configuración de qjackctl se pueden lanzar scripts al arrancar jack, para que sea automático.
Un script es un conjunto de comandos que se ejecutan como si los escribiers en la terminal (hay mejores definicione pero más o menos es algo así).
A ver si te vale.
En la pestaña "Opciones" del "setup" de qjackctl, la idea es poner rutas a scripts pero también se pueden escribir directamente comandos.
Según el momento en el que se ejecuten dentro del proceso de arranque y parada del servidor jack, están el de pre-inicio, post-inicio, pre-detención y post-detención, en este orden. Si pones "a2jmidi_bridge &" en el segundo y "killall a2jmidi_bridge" en el tercero, ya tienes lo que buscas.
Por supuesto, como comenta Veguita, puedes aprovechar esta utilidad para llamar a scripts que lancen otros programas al mismo tiempo. Y para solucionar el problema que comenta de matar los procesos, siempre puedes usar el comando "killall nombre-de-proceso nombre-de-otro-proceso etc" en el script de pre-detención.
Saludos, Pablo