Te refieres a capturar el sonido ya con el efecto? o ¿a procesar despues lo ya grabado en la mezcla pero separado por pistas?
Lo segundo segun yo no es posible, a ver si alguien mas no lo aclara (quizas en todo caso asignar efectos por cada salida si la interface de audio tiene varias salidas, mas esto seria solo para la escucha), si es lo primero pues implicaria estar muy seguro de lo que vas a hacer ya que no habria marcha atras una vez grabado, estamos hablando de que mediante plugins puedes trabajar de una manera no-destructiva, de la otra forma seria una forma destructiva aunque si la calidad del harwdare es mejor y esta bien ajustado todo puede ganar en calidad el resultado final.
dos cosas hay que saber que tarjeta tienes y que programa utilizaras