Segun lo que imagino que tu entiendes por armonía tradicional, te diré que es exactamente la misma cosa, me explicaré:
La armonía funcional es la armonía que respeta las funciones tonales, es decir un dominante que resuelve a tónica, cadencias plagales y demás. Se llama así para diferenciarla de la armonía no funcional, que como dice su nombre, es la que no espeta esas funciones tonales, por ejemplo: la armonía modal, el dodecafonismo, las estructuras constantes etc...
Cuando hablas de armonía tradicional, imagino que hablas de la armonía propia de la música clásica europea, que es algo más estricta en conducciones que la (por decirlo de alguna manera) armonía moderna.
No olvidemos que la armonía que se enseña en los conservatorios ( al menos en los que yo he estado) suele ser muy estricta en reglas ( cosa que para aprender no está nada mal), pero que si ahora usaramos esas normas a rajatabla sonariamos muy antiguos.
Siento no poder ayuderte en lo de los links puesto que yo he aprendido con libros (y lo más importante, con buenos profesores), pero te dejo unos títulos que a mi modo de ver son muy buenos y bastante claros:
Armonía clásica:
Tratado de armonia de Walter Piston
Armonía moderna:
Enric Herrera ( este algo antiguo pero muy claro)
Libros de Berklee 1,2,3 y 4
Por haberlos, hay muchos más, pero estos son muy usados en escuelas y conservatorios.
Espero haber sido de alguna ayuda.
La armonía funcional es aquella que se dedica exclusivamente a estudiar la interacción de las funciones armónicas.
La armonía tradicional es la que se estudia en los conservatorios y engloba al período barroco-clásico-romántico y también por supuesto, se estudian las funciones armónicas. Pasa que el término "armonía funcional" fue más difundido por Schoenberg.
Ambos términos son equivalentes.
Salutess!!