Si no la quieres deshabilitar, edita el archivo de configuración de ALSA para que las tarjetas siempre tomen los mismos números:
sudo mousepad /etc/modprobe.d/alsa-base.conf
Al final del archivo, añade la línea
options snd slots=snd-hda-intel, snd-usb-audio
Guarda y cierra.
No obstante, en qjackctl, puedes especificar el nombre en el campo Interfaz, en lugar de hw:1, puedes escribir
hw:Track
Así te aseguras de que jack siempre arranque con la fast track.
Para tener sonidos del sistema cuando jack está activo, lo más fácil es usar el modulo pulseaudio-jack. Pensaba que en 12.10 funcionaría a la primera. Mira a ver si tienes instalado el paquete pulseaudio-module-jack.
sudo apt-get install pulseaudio-module-jack