Hola, en principio al hacer bounce to disk de la mezcla que sale por salidas 1-2 (por defecto), todo lo que suene por ahi se va a grabar. es decir que si usas instrumentos virtuales y están ruteados a las salidas 1-2 claro que se van a grabar, al igual que reverbs o algo que en ese momento esté entrando por alguna entrada de la tarjeta como algun módulo de sonido externo también ruteado a 1-2.
Entendido esto. Lo que pasa que hacer un beunce sin grabar en una pista de audio los virtuales te quita la posibilidad de hacer retoques de edicion al audio que sale de ellos, creo que siempre es mejor grabar en audio primero, aunque a mi me salvo el error cometido porque era un fragmento pequeño dentro de un tema musical cuando aplique el teclado Korg.
No se si habra alguien que trabaja con virtuales en Pro Tools y quiere hacer algun aporte sobre este tema.