si no son muchos videos, con un editor de audio.. pones a grabar en la salida de la terjeta, le das a REC en el edito y listo. normalizas al final y tal...
puedes guardar el video en mp3 en vez de flv, asi puedes cargarlo en un sec y ya te aparece la pista de audio, la salvas y listo.
YO me baje un programa llamado youtubecatcher y para extraer el sonido lo cargas al soundforge, borras la imagen y salvar el audio.