Ah, por cierto, si las partes son diferentes, creo que el pedal solo actuaría en la parte donde este pulsado. Si se corta y entra otra, creo que ya no tiene validez, con lo que deberías de "pegar" ambas partes, con la herramienta del superglue, jeje
si quieres usar varias pistas y que el pedal funcione independiente para cada pista midi como si fueran varios pianos por ejemplo tendrias que asignar como minimo diferentes canales a cada pista (osea la priemra con el canal 1 del VSTi, la segunda con el canal 2 del VSTi y así) y si aún no funciona entonces abre varias instancias del VSTi y vuelve a probar cada pista con su instancia VSTi
Espero haber entendido bien tu pregunta