Hola EsJota,
Para exportar todo un proyecto de FL Studio todos tus channels tienen que ser tipo MIDI.
Si por casualidad los channels no son midi puedes convertirlos pulsando en el menu de FL Studio:
Tools/Macros/Prepare for MIDI export
Una vez tengas todos los channels como tipo MIDI, ya podrás ir a:
File/Export/MIDI file...
en la siguiente ventana pon nombre al nuevo archivo que vas a crear.
Después en la siguiente ventana pulsa "start".
Espero que esto sea lo que buscabas.
Por cierto esto funciona en la version 6, no recuerdo como se hacia en versiones anteriores.
Un saludo.