Igual es una simpleza lo que te digo, pero cada grabación que haces, esto es, cada archivo wav, se graba automáticamente en la carpeta dónde tengas ubicado el proyecto, con un nombre similar a esto: 02-110505_0014.wav. Si no es lo que buscas... puede que con el render lo soluciones.
Mira en la esquina de cada item y verás su nombre, normalmente vienen varios números, uno de ellos es la fecha: 02-110505_0014.wav: por ejemplo, éste se grabó el 5 de mayo de 2011. Así es más fácil identificarlos. Si es un archivo grabado tal cual, sin efectos... yo iría directamente a la carpeta y lo buscaría por su nombre, si lleva efectos y demás iría a File / Consolide tracks y ahí seleccionas pistas y fragmento de tiempo.
A mí tampoco me hace mucha gracia cómo se guardan los archivos en las carpetas de proyectos. Para empezar yo propondría que se cree automáticamente una carpeta con el nombre del proyecto dentro de la carpeta de proyectos de Reaper. Si no la crea uno, al final se tiene un cacao de archivos impresionante y hay que seleccionarlos manualmente. Con lo de guardar el archivo wav, me reitero, no se me ocurre buscar una manera mejor de guardar algo. Yo grabaría algo y con ese nombre de archivo iría a la carpeta de proyecto y lo buscaría. Si lleva efectos, como te he dicho antes iría a File / Consolide tracks y ahí le pones el nombre que quieras y dónde guardarlo. No es muy complicado. Con lo del guardado automático: acabo de buscarlo en el foro del Cockos y es algo así:
Ve a "Options / Preferences / Project" , abajo tienes un apartado llamado "Project saving" para elegir la que más te mole. Ahora bien, yo tendría cuidado con el salvado automático, puede que grabes algo de lo que te arrepientas y luego no puedas deshacerlo.
Dentro de las opciones que comentas, yo tampoco sé decirte cuál es la mejor. Creo que es buena idea traducir. Suerte y no te preocupes, así aprendemos entre todos!