El ruido siempre está presente, nadie graba guitarras y menos con mucha distorsión sin que exista ese ruido. El intentar sacarlo con algún software va a generar problemas en el resto del audio como tu dices. Las puertas de ruido, pues van a cortar parte de la cola del sonido, no hay mucho que hacer.
Pero el ruido en realidad proviene de tu misma guitarra, este se cuela por las pastillas y por eso queda en la grabación, mas que sacarlo debes evitar el ruido. Es muy común coger ruido del mismo ordenador o fuentes de electromagnetismo externas, lo primero es que revises de donde viene el ruido. Lo que puedes hacer es moverte por la habitación con tu guitarra y buscar el lugar donde el ruido sea menor. Una apantallado a las pastillas dicen que ayuda, pero si tienes una fuente de ruido como es el ordenador muy cerca ninguna apantallado te ayudará.
Es ese mi consejo, que te alejes de las fuentes de ruido.
Gracias lo tendré presente.
