a ver, yo no veo cual es el problema de comprimir una señal estereo en un solo compresor mono, tu desde la mesa o desde el daw insertas el compresor primero al canal L, y lo grabas en un nuevo track del daw, despues envias el canal R al compresor y lo grabas en otro nuevo track del daw, ya tienes las dos señales comprimidas!!!
Te recomiendo aplicar la misma compresion para los 2 canales, ya que siempre estas tratando un solo instrumento, aunque sea una toma estereofonica y cada una contenga una u otra información sonora, estamos tratando un TODO que tiene que ser homogeneo, es como si ecualizas un canal si y el otro no...
Por el problema de fases, puedes tener por la latencia que tenga tu inferface + el recorrido de la señal, pero no es ningun problema, tu puedes calcular la latencia en milisegundos que tiene tu sistema; lanzas un impulso que pase por el compresor y vuelva al interface, calculas el tiempo entre el impulso original y el grabado, y corres el track tantos milisegundos, en protools por ejemplo tienes la opcion del "NUDGE" que tiene precisión de hasta un sample, la unidad más pequeña de un archivo de audio. En ese caso, mueves el track que has grabado tantos milisegundos y asunto resuelto.
Un saludo