Hola cristian953...bueno si conectas el ampli al pc por USB, me imagino que es a travez de una tarjeta de sonido externa, en ese caso verifica lo siguente:
1.-que esten instalados los driver de dicha tarjeta (panel de control y luego dipositivos de audio ahi deberia aparecer tu tarjeta le das a activar).
2.-tienes que decirle a fl studio que quieres usar la tarjeta externa, te vas options - audio settins y en la lista desplegable seleccionas tu tarjeta.
3.-en mixer de fl studio seleccionas un canal cualquiera que no sea el master y en la pestaña IN lo que tiene que aparecer es los driver de la tarjeta y no el amplificador.
pd: todo deberia estar conectado antes de abrir fl studio.
ojala te sirva saludos...