Buenas,
Yo lo monto de esta manera:
1. Abres el FL Studio, insertas el FPC bla bla bla
2. Plugin options (flecha pa' bajo) - presets - empty
3. Con el ratón le das al primer pad que quieras configurar. Le das a MIDI note - learn - y pulsas el pad que vaya con el del plugin
El tercer paso lo repites con los otros pads y con el segundo banco, si es necesario.
Después ya a cargar los samples en cada pad y todo el rollo.
Por otro lado, creo que también te puede ayudar, si quieres que se corten los samples al pulsar otro pad tienes que configurar el Cut - by
Espero haberte ayudado

Saludos!