No. Virtualdub no es un editor de video, es en programa para cortar partes poner algún efecto, cambiar a otro formato, extraer el audio y nada mas.
Lo que tu quieres que es cortar una parte de la imagen, eso lo tienes que hacer con un editor.
Y se os ocurre con qué programa puedo hacer eso? Con el Premiere Pro no he descubierto si se puede hacer... :S
Es que no se exactamente que es lo que quieres hacer pero quitar un trozo de una imagen, tendrás que recortar esa imagen con el efecto CROP en Premiere y si es tapar una parte de la imagen tendras que sobreponer algo encima para tapar lo que quieras que no se vea de esa imagen.