De todas formas es aconsejable grabarlo también a través del ampli con un micro (si tienes la posibilidad, claro está).
La diferencia es que cuando grabas por linea el sonido no tiene tanta fuerza en graves en pro de un sonido más definido.
Lo suyo sería grabar el bajo en 2 pistas, una desde el ampli y otra directa a la tarjeta y elegir la que más te convezca.
Tambien puedes montar un preset limpio en la pedalera y sobre este añadir "el color" que necesites.
Principalmente sin simulacion de altavoces. Esto si que te puede quitar sonido de bajo.
A veces he tenido que pasar por un pod de guitarra el bajo, buscando un sonido limpio, quizas un poquito de overdrive, solo para poder pasarlo por la mesa y ok con el sonido y la mejor conectar a un vocalista por una digitech rp-50 (es para guitarra), donde el hombre solo necesitaba un pelin de ecualizacion y de reverb.
El tema es jugar con los parametros.
Saludos.