Pruebalo, te va a hacer un efecto tipo chorus.
Si no quieres chorus, aplicalo a la suma del mid+side, mediante una única instancia en un subgrupo.
No le veo mucho sentido a eso, el autotunes es un afinador,se supone que tienes que afinar la muestra completa, a no ser que la voz este bien cantada y como efecto creativo le pongas el autotune al Mid y el el Side le pongas una reverb, para que sea algo mas creativo, del otro modo no le veo sentido.