Quizás porque la duplicaste y se quedo marcado el botón de grabación(el circulito rojo). Quítalo.
Saluditosss
¿Qué tarjeta de sonido tienes? Comprueba,en el panel de la tarjeta que no tengas activada en las opciones de grabación "lo que se oye" oalgo similar, ya que si no te graba todo sonido entrante.
Es típico a todos nos ha pasado alguna vez. Mira bien la configuración de audio de windows (muy importante) después la de la targeta y por ultimo las entradas y salidas del cubase.