Esto te lo digo de memoria y espero no equivocarme, no puedo probarlo ahora mismo.
Creo que no se puede guardar, nunca lo he comprobado, pero no hay una opción que lo permita y se suelen perder las configuraciones.
Cuando utilizas un sinte (o cualquier otro aparato Midi) como controlador usando la función de aprendizaje "Link to next MIDI Controller", el programa convierte el CC que entra a el CC que mueve ese potenciómetro pero no guarda la configuración. Si lo que usas es un controlador MIDI dedicado, puedes hacerlo de la misma manera o de la más adecuada: programas cada potenciómetro hardware para enviar el CC adecuado en el canal Midi correspondiente y cada vez que abras esa canción, el VST responderá al controlador.
Lo malo de los sintes es que normalmente no puedes asignar un CC concreto a cada potenciómetro, cada función usa el suyo y eso no es modificable.
La única forma de que el sinte responda siempre al controlador asignado, ya sea de un sinte como de un controlador de verdad es guardando presets en cada sinte que controles. Cuando guardas un preset, no sólo guardas el sonido, también guardas la configuración del sinte y eso incluye los enlaces de control.
´Si tienes algún problema con ese método, abre File > Preferences y abajo del todo está la configuración DXi/VSTi preset system, elige la opción Orion.Prs.
En lo que se refiere a las pistas de audio, no se puede grabar directamente en Orion. Las pistas de audio sirven para abrir archivos de audio de tu disco duro.
Para usar una pista de audio, abres la pista, deduzco por tu pregunta que ya sabes hacerlo, y para asignarle una pista abre el secuenciador general: View > Song Playlist y verás las pistas de audio que hayas abierto, al picar sobrela rejilla se abrirá el explorador para que busques el archivo que te interese.
De todas maneras Orion no suele ir muy bien con pistas de audio y es posible que te devore la CPU. Si quieres meter voces, siempre podrás abrir frases y fragmentos con el sampler.