!Hola Daniel!
Como supongo que sabrás, la clave, es un indicador de la posición de las notas en el pentagrama, no es que la clave en si misma tenga un sonido real. Dicho ésto, si tomamos como referencia, el do4 (do central en el piano), hemos de saber que en todas las claves, cambia su posición.
Asi, en clave de sol, éste do esta escrito en una linea adccional, por debajo del pentagrama, mientras que en clave de Fa, ve escrito con una linea adiccional por encima.
El nombre Clave de Do en 1ª, 2ª, 3ª o 4ª linea, hace referencia precisamente al sitio donde va colocado el De4 en cada una de las claves. Por eso, si en la clave que estas escribiendo, es clave de Do en 4º, este do4, es una de las notas másagudas para esta clave, coincidiendo en mucho con la clave de Fa.
Otra cosa es, la forma en que introduzcas las notas. Si las introduces con teclado midi, tendras que procurar, que la información midi que mande el teclado al software, coincida con la altura real de la nota que quieres escribir. Por ejemplo, si quieres escribir el Do4 en clave de sol, deberás poner el traspositor del teclado, de forma que ese do sea una de las notas más graves, y viceversa.
de hecho, con la extensiion de clave de fa y clave de sol, se abarca la extensiñon de todas las claves de
do
Espero haber entendido tu pregunta, y haberte aclarado algo
Saludos
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Esto... ¿para qué instrumento estás escribiendo? ¿Alguno transpositor?