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Estas grabando una pista MIDI disparando un vsti o una pista de audio?
Si estás usando el teclado para controlar un instrumento virtual en Cubase, es probable que lo único que necesites es bajarle el volumen a tu teclado, o buscar en el menú global de tu teclado algún control que diga "Local: on" y cambiarlo a "Local: off". Eso hará que cuando toques el teclado no suene nada ahí, pues los mensajes solamente serán enviados a travéz de MIDI a Cubase, y el único sonido que vas a escuchar es el del instrumento que tengas puesto en Cubase.
Si estás grabando usando la salida del sonido de tu teclado (que por tu descripción parece ser que no es así) entonces tal vez sea necesario que le sigas conectando algo, pero en lugar de conectarle los audífonos, conéctale solamente un conector que desactive las bocinas, pero un conector solamente, sin cable ni audífonos. O podrías ver si existe alguna manera de bajar solamente el volumen de las bocinas. Para un teclado de esa gama, me parece que debería tener alguna forma de hacerlo.