No es un fallo de Ardour, sino del manazas que lo manejaba. Resulta que después de estar grabando varias pistas de guitarra, bajo y batería me pongo a hacer el paneo e independientemente de donde colocara el slider del fader siempre me sonaba igual y por los dos altavoces. Tras un rato "supongo" que es un bug del fader en mono y me pongo a regrabar las pistas, esta vez en estéreo. Cuando voy al paneo más de lo mismo, siempre suena igual y por los dos altavoces de los cascos. He llegado a dudar, incluso, de que los cascos estuvieran bien, o que la interfaz permitiera la escucha por cascos en estéreo. El caso es que harto de batallar en Ardour, me abro un gnome-mplayer para escuchar alguna canción y relajarme y ahí he comprobado que la interfaz y los cascos funcionaban bien. Ya un poco mosca he abierto las conexiones de qjackctl y para mi asombro resulta que los dos canales del Master de Ardour estaban conectados cada uno a las dos salidas de la interfaz, de forma que siempre mandaban el mismo sonido a los dos canales. La solución ha sido desconectar las conexiones duplicadas y todo a vuelto a funcionar como de costumbre.
Ya veis que el fallo es enteramente mío pero lo pongo por si a alguien le pasa algo similar que empiece repasando las conexiones en qjackctl o patchage, y no lo deje para lo último.
Saludos.