Como yo aun soy un novato aficionado al FL, no podría decir mucho al respecto de por que se lo subestima, mas aun teniendo en cuenta que ni use otros programas "profesionales". Pero siendo diseñador gráfico se me ocurre que pasa algo similar con el Adobe Illustrator y el Corel Draw, algunos subestiman el Corel por que supuestamente es para principiantes, menos completo, menos profesional, se supone que un "diseñador decente" usa Illustrator. Lo cierto es que si sos un buen diseñador podes hacer prácticamente lo mismo con cualquiera de los dos programas, cada uno tendrá sus ventajas y sus desventajas, pero la mayoría de los diseños son posibles con cualquiera de los dos programas, de hecho mas de una vez use el Corel para trabajar mas rápido, y tranquilamente podría haber cursado toda la carrera de diseñador sin abrir el Illustrator.
Eso si, algunas herramientas dan algunas facilidades para ciertas cosas, por ejemplo, esta ilustración vectorial la hice con Illustrator, y me seria casi imposible hacerla con Corel, pero solo son cuestiones puntuales, ya que es una ilustración y los programas vectoriales no son en realidad para eso.
Algo similar pasa con Windows y Mac, aveces se considera como mas "profesional" usar Mac, cuando cualquier trabajo se puede hacer exactamente igual en cualquiera de los dos sistemas operativos. Para mi Mac trae pocos beneficios en relación al precio, he usado ambos sistemas y me quedo con Windows sin dudas, con mucha menos plata te armas una PC mucho mas potente, y si se rompe algo lo reemplazas por separado fácilmente