Creo que su problema se debe a la diferencia de impedancias entre la salida de la guitarra y la entrada de la Scarlett. Debe pasar la señal de la guitarra primero por una DI box. Este proceso también te ayudara de paso a pasar de una señal TS no balanceada a una balanceada, evitando así interferencias y ruidos en la señal.
Si ese problema no se resuelve debería mirar que tiene la pestaña Line-Inst inclinada hacia "Inst". Un saludo.
A mi me sucedió exactamente lo mismo, pero yo conecté un mic inalambrico chino y adivinen... sí, mi scarlett murió. Probablemente se quemen los preamp o el chip de procesamiento de audio. No sé... Alguien sabe donde puedo repararla? soy de Chile.
