Claro que tendrás diferencia.
No obstante cualqueir DAW o editor de audio te puede convertir un archivo a la frecuencia que quieras (con sus consiguientes pérdidas).
Si es bajarla (Downsampling), y por mi experiencia, fijándote un poco, pasar de 96 a 44,1 o 48 puedo decir que escuchaba una pequeña pérdida de nitidez en el brillo de los platos y algo en la voz.
Si haces la conversión (que normalmente, al importar a un proyecto a distinta frecuencia ya te lo porpone el DAW) podrás seguir grabando y mezclando sin problemas de tono ni de velocidad ni nada parecido. Lo importante es que el proyecto y los archivos estén a la misma frecuencia.
No obstante lo mejor es trabajar siempre a la misma frecuencia de muestreo, y ya que vas a pasarlo a CD al final yo lo haría a 44,1 (a veces trabajo como mucho a 48) que además de evitarte esos problemillas ocupa todo mucho menos espacio en disco.
La verdad no entiendo porque quieres hacer la grabación a distintas frecuiencias de muestreo.
Saludos.
Si es para mezclar en analógico no está mal la idea.
¿Por que no grabas todo a la misma frecuencia? Digo a 96. Asi te evitarías ese problema.
Si no puedes por no disponer de equipo que lo permita, y quieres conservar a toda costa las de 96 puedes hacer lo siguiente:
1- Te llevas una COPIA de las pistas a 96.
2- Importas esas pistas en un proyecto a 48 que te permita tu tarjeta, al importarlas las conviertes a 48 (esto por defecto ya te lo dicen muchos DAW's, es decir te lo proponen).
3- Ahora grabas a 48 lo que desees.
4- Te llevas SOLO las pistas nuevas a 48
5- Las importas en el poryecto a 96 conviertiendolas a esa frecuencia.
Una cosa, pos subir la frecuencia de muestreo esas pista no van a sonar mejor ni nada parecido, pero aprovechas las que si ya tienes grabadas a 96.
Si te digo la verdad, se que se puede convertir a mayor pero nunca me fijé en lo que hacía pues solo lo tengo hecho alguna vez para alguna referencia, donde nunca me fije en la calidad.
Espero servirte de ayuda.
Saludos.
Baneado
Teoricamente al exportar todas las pistas a una determinada frecuencia el propio programa te deberia hacer el diezmado, si aun asi te siguen sonando cada una como quiere entonces es que tienes que hacer el diezmado manualmente con algun SRC en plugin.
Baneado
Por cierto, antes de que se me olvide, supongo que todos los plugins de SRC tienen un filtro paso bajo, pero si por un casual tras hacer el diezmado notas algo de aliasing sobre todo en las fuentes grabadas a 96 KHz entonces lo que debes hacer es poner un filtro paso bajo previo al plugin del SRC, que corte en unos 22 KHz.
Saludos
por qué?? ya por aprender 
