Sí, pero depende de si son compases contiguos o alternos.
Si es una zona de compases seguidos puedes seleccionar todo el pasaje y aplicar el cambio de línea de compás que quieras. Sibelius la podrá en todos y cada uno de los compases seleccionados.
Si son compases alternos debes tener en cuenta que las líneas de compás se pueden copiar y pegar. Tienes dos opciones.
1. Insertas la primera invisible y sin dejar la selección mantienes pulsado Alt mientras haces clic en cada una de las líneas de compás que quieres cambiar. No es tan rápido como lo anterior, pero es bastante más rápido que ir seleccionando cada línea de compás y cambiándola.
2. Similar a lo anterior pulsas Ctrl+C para copiar la línea invisible y Ctrl+V en cada compás en el que quieres pegarla. Es más rápido el anterior, pero todo va en gustos.
El primero es uno de los sistemas más útiles en Sibelius y tal vez poco conocido. Ahorra mucho tiempo.
Si son más las invisibles que las visibles en Normas de diseño musical puedes cambiar el tipo de línea de compás por defecto para el documento. Eliges Invisible y vas haciendo el trabajo contrario, colocar las visibles.