1) Cubase no está correctamente configurado para grabar en estéreo. Solución: leer el manual.
http://download.steinberg.net/downloads_software/Cubase_Pro_8_and_Cubase_Artist_8/Manuals/docs_es.zip
2) Está cascado el conector de la entrada de línea de la placa (lo que dice Lunetico).
Solución: Repararlo, cambiar la placa o comprar una interfaz.
Caso resuelto.