Sería muy elaborado tratar de explicar todo eso, y lo más probable es que la líe y no dé una respuesta concisa, pues soy medio vago explicando cosas
Como básico, cualquier cosa que conectes, sea Audio o MIDI, real o virtual, será desde un OUT a un IN y viceversa. Nunca IN a IN o OUT a OUT.
La cuestión de configuración, pues cada equipo y cada programa tendrá diferencias, así que lo mejor es aprender cómo lo hace el software que uses. No se puede dar una respuesta general. Lo primero es leer manuales y ayuda provista por el equipo y los programas que uses.
Lo que te recomiendo es que vayas disipando tus dudas poco a poco, primero viendo si ya se ha escrito al respecto y si no, preguntando. Pero el orden debe ser: primero leer manuales, luego buscar información al respecto. Y si no encuentras nada específico, entonces preguntar. Pero toda esa información la gran mayoría ya está escrito.
No se puede dar una respuesta general porque sería bastante larga y sin mucho sentido, porque de seguro mucha no aplicará directamente a lo que uses.