Como no se donde empieza tu problema te informaré desde el principio.
Lo priemro es activar el instrumento en el menu Dispositivos de cubase. En la opción Instrumentos te aparece un rack virtual vacio. Pinchas en el primero y te aparece la lista de plugings que tienes instalada. Elije Kontakt 2.
Ahora en la pista de Cubase donde tienes las notas midi, elijes la salida Kontakt.
Ya tienes "enganchada esa pista al Kontakt. Ahora cargas el sonido en el Kontakt como lo haces en la version standalone y dando las notas esactas deberia funcioanrte correctamente.
Si no es así hay algun fallo de conexion o instalación.
Suerte.
Waxko