Cubase o Nuendo tienen editores de partituras. Cargas el archivo midi y la ves como notación clásica. Creo que lo que te interesa es exportar las partituras en formato .pdf, el del acrobat reader. Desde ahí lo imprimirías directamente. Creo que Cubase y Nuendo permiten hacer esto, lo que no sé es si tienes que comprar algún plugin para hacerlo.
Por otro lado dos programas especializados en notación musical son el Encore y el Sibelius. Seguro que hacen lo que quieres pero yo no los conozco. Pásate por sus webs.
Por añadir algo a la respuesta del Daneel; también tienes la opción del Finale, que vende una versión reducida a un precio bastante apañao.... y el Lilypond, gratuito pero algo mas jodío de manejar (aunque tiene fama de imprimir unas partituras la mar de bonitas. De hecho, el desarrollador principal del software, holandés, lo hizo sobre todo porque no le gustaba la caligrafía de las partituras de los editores de partituras comerciales).
Saludos