Usando limitadores. Impiden que una señal de audio pase de un determinado umbral de intensidad. Irían justo antes de los amplificadores.
Hola Camilo.
Con lo del Pure Data no te puedo ayudar. No tengo ni idea.
Lo de los potenciómetros, si simplemente regulan la cantidad de señal que dejan pasar, no sirven como limitadores. Un limitador controla la dinámica de la señal de audio de una manera muy concreta (puedes ver multitud de artículos y tutoriales en internet que te explican cómo funciona).
Si crees que la señal no es fuerte, pero la oyes distorsionada igualmente, entonces es probable que ya esté saturada antes de llegar al amplificador, por lo que en tal caso no es un tema de limitarla, sino de evitar esa saturación previa. Igual es algo que estás haciendo al manipularlas con el Pure Data. Desconozco si tienes alguna forma de controlar la saturación en esa parte del proceso.
Es que estoy pensando que, según el tipo de historias que estés haciendo con estas manipulaciones que dices, si el resultado son sonidos muy saturados, ondas extrañas, etc. igual estás forzando a los altavoces a trabajar como no deben. ¿Puedes subir una imagen de la onda de alguno de estos archivos de audio que has creado?
Saludos.