Si te refieres a cortar el archivo de una carpeta y pegarlo en otra; o sea trasladarlo, como tú dices; el sistema operativo no modifica su contenido, ni por tanto, su calidad; ni de los .wav ni de ningún otro al moverlos; a menos que tengas algún virus o un fallo de hardware. Por ejemplo; ciertos fallos de la memoria RAM del PC no impiden que el ordenador funcione bien en apariencia; pero corrompen el contenido de los archivos.
Si quieres asegurarte de que los archivos quedan intactos al copiarlos o moverlos; usa algún programa (los hay gratuitos) para calcular el checksum de los archivos antes y después de moverlos. Si el valor del checksum es idéntico; entonces están intactos. De lo contrario tendrías un problema de corrupción de archivos.
Por otra parte, si mueves los archivos .wav cargándolos en un programa de procesamiento de audio y luego grabándolos en otra carpeta; es posible que el archivo grabado no sea igual que el que fue leido; dependiendo de los ajustes que tengas en el programa utilizado, como por ejemplo la conversión de frecuencia de muestreo.
Sobre todo: Ten siempre actualizadas tus copias de seguridad. Y ya puestos en plan paranoico; compara los checksums de los archivos de trabajo con sus correspondientes copias de seguridad.
Realmente pueden perder calidad cuando los manipulas cortando y pegando en un editor. No cuando los cambias de carpeta en el sistema de archivos.
Pero creo que estás demasiado obsesionado. Tampoco es para tanto.
Si el archivo es de 24 bits/ 44.1 kHz te admite bastantes corta y pega sin que la perdida de calidad ne note demasiado.
¿Porque no pruebas a costar trozos de una pista muchas veces?. Te pillas la primera estrofa y la pones al medio. Luego la coges de allí y la pasas al final. Después la vuelves al principio...........
Así hasta que notes claramente que algo cambió. Luego mira cuantas veces editaste antes de notar algo. Usa una prueba a ciegas. Si puede ser que otro manipule y tu evalues, y que el otro incluso te engañe. Que edite mas veces o menos de las que tu crees.
Notarás que no es para tanto.
Otra cosa es que ecualizes muchas veces. Cada vez que bajes alguna frecuencia de nivel y luego intentes recuperarla perderás algo y ahí se nota mas. Pero aun así puedes hacerlo moderadamente sin demasiado problema.
Una mejor opción al Pendrive es que uses un cable de red configurado "Punto a Punto" y lo pases vía LAN, es más rápido y cómodo.