Tendrías que marcar en el Mixed in Key la opción de que escriba los resultados en el ID3 del archivo o que renombre los archivos con los resultados, asi tendrás la información accesible desde cualquier programa.
Yo lo uso con Traktor, pero no se si es culpa mía o el qué... pero no he conseguido que el Key me lo ponga en la casilla de Key en Traktor.
Así que yo las analizo con Mixed In Key, y el resultado lo pongo en la casilla Key con el MP3Tag, que para mí es el editor perfecto de tags en mp3, va perfecto!
Efectivamente es una pesadilla poner tags con Mixed in key, mejor usan rapid evolution que es gratuito.
Qué versión usais vosotros? A mi con la 4 me va perfecto, actualiza todas las casillas del id3 sin problemas.
Lo tengo actualizado a la última versión, la 4