No entiendo porqué querrías hacer eso. Si fuera, por ejemplo, que el 000000 estuviera más adelante en el proyecto, pues aún, porque puede que montes una intro o algo pero que te cuente hacia atrás, pero cambiar un tiempo específico, que no es más que minutos y segundos, por otro, que es lo mismo sin una utilidad aparente... se me escapa
Para lo primero, colocas el cursor donde quieras que esté el 000000, abres el menú File/Project Settings (o Alt+Intro) y pulsas el botón Set 0.00 to edit cursor. Lo que haya antes del cursor te lo contará en negativo como cuenta atrás. Para lo segundo, pues quizá haya alguna extensión que lo permita, o el mismo Reaper tal cual, pero como digo, le veo tan nula utilidad que ni se me ha ocurrido buscarlo